Professur für Data Science in Systems Biology

2021

SARS-CoV-2 infection is associated with a pro-thrombotic platelet phenotype

Bongiovanni, D., Klug, M., Lazareva, O., Weidlich, S., Biasi, M., Ursu, S., Warth, S., Buske, C., Lukas, M., Spinner, C. D., Scheidt, M. V., Condorelli, G., Baumbach, J., Laugwitz, K. L., List, M. & Bernlochner, I., Jan. 2021, in: Cell Death and Disease. 12, 1, 50.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

70 Zitate (Scopus)

SPONGEdb: A pan-cancer resource for competing endogenous RNA interactions

Hoffmann, M., Pachl, E., Hartung, M., Stiegler, V., Baumbach, J., Schulz, M. H. & List, M., 1 März 2021, in: NAR Cancer. 3, 1, zcaa042.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

12 Zitate (Scopus)

The AIMe registry for artificial intelligence in biomedical research

Matschinske, J., Alcaraz, N., Benis, A., Golebiewski, M., Grimm, D. G., Heumos, L., Kacprowski, T., Lazareva, O., List, M., Louadi, Z., Pauling, J. K., Pfeifer, N., Röttger, R., Schwämmle, V., Sturm, G., Traverso, A., Van Steen, K., de Freitas, M. V., Villalba Silva, G. C. & Wee, L. &5 mehr, Wenke, N. K., Zanin, M., Zolotareva, O., Baumbach, J. & Blumenthal, D. B., Okt. 2021, in: Nature Methods. 18, 10, S. 1128-1131 4 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Kommentar/Debatte

Open Access

36 Zitate (Scopus)

2020

Arrhythmic Gut Microbiome Signatures Predict Risk of Type 2 Diabetes

Reitmeier, S., Kiessling, S., Clavel, T., List, M., Almeida, E. L., Ghosh, T. S., Neuhaus, K., Grallert, H., Linseisen, J., Skurk, T., Brandl, B., Breuninger, T. A., Troll, M., Rathmann, W., Linkohr, B., Hauner, H., Laudes, M., Franke, A., Le Roy, C. I. & Bell, J. T. &5 mehr, Spector, T., Baumbach, J., O'Toole, P. W., Peters, A. & Haller, D., 12 Aug. 2020, in: Cell Host and Microbe. 28, 2, S. 258-272.e6

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

160 Zitate (Scopus)

Balsam—an interactive online platform for breath analysis, visualization and classification

Weber, P., Pauling, J. K., List, M. & Baumbach, J., Okt. 2020, in: Metabolites. 10, 10, S. 1-16 16 S., 393.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

6 Zitate (Scopus)

De novo pathway-based classification of breast cancer subtypes

List, M., Alcaraz, N. & Batra, R., 2020, Methods in Molecular Biology. Humana Press Inc., S. 201-213 13 S. (Methods in Molecular Biology; Band 2074).

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Kapitel › Begutachtung

2 Zitate (Scopus)

De novo pathway enrichment with keypathwayminer

Alcaraz, N., Hartebrodt, A. & List, M., 2020, Methods in Molecular Biology. Humana Press Inc., S. 181-199 19 S. (Methods in Molecular Biology; Band 2074).

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Kapitel › Begutachtung

3 Zitate (Scopus)

EpiGEN: An epistasis simulation pipeline

Blumenthal, D. B., Viola, L., List, M., Baumbach, J., Tieri, P. & Kacprowski, T., 1 Okt. 2020, in: Bioinformatics. 36, 19, S. 4957-4959 3 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

7 Zitate (Scopus)

Exploring the SARS-CoV-2 virus-host-drug interactome for drug repurposing

Sadegh, S., Matschinske, J., Blumenthal, D. B., Galindez, G., Kacprowski, T., List, M., Nasirigerdeh, R., Oubounyt, M., Pichlmair, A., Rose, T. D., Salgado-Albarrán, M., Späth, J., Stukalov, A., Wenke, N. K., Yuan, K., Pauling, J. K. & Baumbach, J., 1 Dez. 2020, in: Nature Communications. 11, 1, 3518.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

138 Zitate (Scopus)

Immunedeconv: An R package for unified access to computational methods for estimating immune cell fractions from bulk RNA-sequencing data

Sturm, G., Finotello, F. & List, M., 2020, Methods in Molecular Biology. Humana Press Inc., S. 223-232 10 S. (Methods in Molecular Biology; Band 2120).

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Kapitel › Begutachtung

120 Zitate (Scopus)

Individualized predictions of changes in knee pain, quality of life and walking speed following patient education and exercise therapy in patients with knee osteoarthritis – a prognostic model study

Baumbach, L., List, M., Grønne, D. T., Skou, S. T. & Roos, E. M., Sept. 2020, in: Osteoarthritis and Cartilage. 28, 9, S. 1191-1201 11 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

10 Zitate (Scopus)

In silico cell-type deconvolution methods in cancer immunotherapy

Sturm, G., Finotello, F. & List, M., 2020, Methods in Molecular Biology. Humana Press Inc., S. 213-222 10 S. (Methods in Molecular Biology; Band 2120).

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Kapitel › Begutachtung

1 Zitat (Scopus)

Mass-spectrometry-based draft of the Arabidopsis proteome

Mergner, J., Frejno, M., List, M., Papacek, M., Chen, X., Chaudhary, A., Samaras, P., Richter, S., Shikata, H., Messerer, M., Lang, D., Altmann, S., Cyprys, P., Zolg, D. P., Mathieson, T., Bantscheff, M., Hazarika, R. R., Schmidt, T., Dawid, C. & Dunkel, A. &12 mehr, Hofmann, T., Sprunck, S., Falter-Braun, P., Johannes, F., Mayer, K. F. X., Jürgens, G., Wilhelm, M., Baumbach, J., Grill, E., Schneitz, K., Schwechheimer, C. & Kuster, B., 19 März 2020, in: Nature. 579, 7799, S. 409-414 6 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

290 Zitate (Scopus)

Multi-Omics Analysis in a Network Context

Lazareva, O., Lautizi, M., Fenn, A., List, M., Kacprowski, T. & Baumbach, J., 1 Jan. 2020, Systems Medicine: Integrative, Qualitative and Computational Approaches: Volume 1-3. Elsevier, Band 1-3. S. 224-233 10 S.

Publikation: Beitrag in Buch/Bericht/Konferenzband › Kapitel › Begutachtung

1 Zitat (Scopus)

PTPN2 Deficiency Enhances Programmed T Cell Expansion and Survival Capacity of Activated T Cells

Flosbach, M., Oberle, S. G., Scherer, S., Zecha, J., von Hoesslin, M., Wiede, F., Chennupati, V., Cullen, J. G., List, M., Pauling, J. K., Baumbach, J., Kuster, B., Tiganis, T. & Zehn, D., 28 Juli 2020, in: Cell Reports. 32, 4, 107957.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

26 Zitate (Scopus)

2019

BioAtlas verbindet Mikrobiomsequenzdaten und GEO-Informationen

Lund, J. B., List, M., Wenke, N. K., Tan, Q. & Baumbach, J., 1 Nov. 2019, in: BioSpektrum. 25, 7, S. 795 1 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

CFP suppresses breast cancer cell growth by TES-mediated upregulation of the transcription factor DDIT3

Block, I., Müller, C., Sdogati, D., Pedersen, H., List, M., Jaskot, A. M., Syse, S. D., Lund Hansen, P., Schmidt, S., Christiansen, H., Casella, C., Bering Olsen, S., Blomstrøm, M. M., Riedel, A., Thomassen, M., Kruse, T. A., Karlskov Hansen, S. W., Kioschis, P. & Mollenhauer, J., 6 Juni 2019, in: Oncogene. 38, 23, S. 4560-4573 14 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

20 Zitate (Scopus)

Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology

Sturm, G., Finotello, F., Petitprez, F., Zhang, J. D., Baumbach, J., Fridman, W. H., List, M. & Aneichyk, T., 15 Juli 2019, in: Bioinformatics. 35, 14, S. i436-i445 btz363.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

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512 Zitate (Scopus)

Hepatocellular carcinoma and nuclear paraspeckles: Induction in chemoresistance and prediction for poor survival

Kessler, S. M., Hosseini, K., Hussein, U. K., Kim, K. M., List, M., Schultheiß, C. S., Schulz, M. H., Laggai, S., Jang, K. Y. & Kiemer, A. K., 2019, in: Cellular Physiology and Biochemistry. 52, 4, S. 787-801 15 S.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

31 Zitate (Scopus)

Large-scale inference of competing endogenous RNA networks with sparse partial correlation

List, M., Dehghani Amirabad, A., Kostka, D. & Schulz, M. H., 15 Juli 2019, in: Bioinformatics. 35, 14, S. i596-i604 btz314.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

Open Access

32 Zitate (Scopus)

The mRNA-binding protein TTP/ZFP36 in hepatocarcinogenesis and hepatocellular carcinoma

Kröhler, T., Kessler, S. M., Hosseini, K., List, M., Barghash, A., Patial, S., Laggai, S., Gemperlein, K., Haybaeck, J., Müller, R., Helms, V., Schulz, M. H., Hoppstädter, J., Blackshear, P. J. & Kiemer, A. K., Nov. 2019, in: Cancers. 11, 11, 1754.

Publikation: Beitrag in Fachzeitschrift › Artikel › Begutachtung

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